11 апреля 2003 г. в Москве случилось скандальное происшествие, повергшее в шок всю общественность — в операционную московской городской больницы No 20 ворвались омоновцы и обвинили врачей в том, что они намеревались забрать у еще живого пациента почки для пересадки. Так было возбуждено уголовное дело — «Дело трансплантологов». Громкий процесс нанес серьезный удар по российской трансплантологии - была приостановлена работа по пересадке органов в десятках клиник и институтов России. Под угрозой оказалось спасение тысяч больных людей, которые годами ждали донорские органы.

Но этому предшествовали события, не получившие огласки, — в сентябре и октябре 2002 г., со слов директора НИИ трансплантологии и искусственных органов МЗ РФ академика В.И. Шумакова, его вызывали к руководству Министерства здравоохранения Российской Федерации и предлагали рассмотреть вопрос о вхождении НИИ трансплантологии и искусственных органов в структуру нового Национального медико-хирургического центра имени Н.И. Пирогова Минздрава России. Не согласившись с этим предложением, академик В.И. Шумаков обратился за советом и помощью к члену Комитета по охране здоровья Государственной Думы ФС РФ профессору А.Г. Саркисяну, с которым его в прошлом связывала совместная научная работа по разработке методов пересадки тканей, органов и конечностей с использованием микрохирургической техники. После обращения академика В.И. Шумакова профессором А.Г. Саркисяном были направлены депутатские запросы в Правительство Российской Федерации, министерство здравоохранения России, Российскую академию медицинских наук (РАМН) и начаты активные действия с консультациями в Правительстве Российской Федерации и РАМН.

Эти действия и явились причиной того, что случилось в московской городской больнице No 20 11 апреля 2003 г. Как отмечали адвокаты врачей - «процесс был инициирован неким высоким чиновником Минздрава, который стремился перетянуть на себя денежные потоки - ведь бюджетное финансирование российской трансплантологии достаточно велико. Для этого было необходимо развалить ныне действующую структуру».

20 сентября 2003 г. прошел III съезд партии «Единая Россия», который принял предвыборную программу и утвердил список кандидатов на выборы 7 декабря 2003 г. За неделю до этого - 12 сентября 2003 г. министр здравоохранения России Ю.Л. Шевченко срочно созвал внеочередную коллегию министерства для рассмотрения вопроса о депутате Государственной Думы ФС РФ А.Г. Саркисяне. В коллегии участвовали представители министра здравоохранения РФ Ю.Л. Шевченко в федеральных округах и руководители межрегиональных ассоциаций, объединяющих руководителей министерств и департаментов здравоохранения субъектов Федерации. Эти чиновники на коллегии министерства здравоохранения представляли собой как бы «российскую медицинскую общественность”. И при этом ни у кого не возникло даже мысли - почему Министерство здравоохранения вмешивается в дела и компетенцию Государственной Думы ФС РФ, которая, в соответствии с Конституцией РФ, самостоятельно решает вопросы, относящиеся к ее ведению. 

По итогам коллегии, на которую не был приглашен и не присутствовал депутат А.Г. Саркисян, было подготовлено и направлено за подписью министра здравоохранения Ю.Л. Шевченко обращение руководству партии «Единая Россия» и их кураторам в Администрации Президента Российской Федерации с предложением исключить А.Г. Саркисяна из предвыборного списка кандидатов в депутаты Государственной Думы ФС РФ - как недостойного быть депутатом, по мнению «медицинской общественности России», т. е. подчиненных министру здравоохранения России чиновников, которые присутствовали на заседании коллегии.

Администрация Президента Российской Федерации и руководство партии «Единая Россия», не пытаясь даже разобраться в сути проблемы, согласились с предложением министра здравоохранения Ю.Л. Шевченко и, не поставив в известность и не представив каких -либо объяснений депутату А.Г. Саркисяну, спешно исключили его из предвыборного списка партии. Об этом профессор А.Г. Саркисян узнал лишь после утверждения пребвыборного списка на съезде партии 20 сентября 2003 г.

Таким образом, за активное противодействие планам по разрушению действующей системы российской трансплантологии профессора А.Г. Саркисяна лишили депутатского мандата, а инициатором этого — при попустительстве сотрудников Администрации Президента Российской Федерации и руководства партии «Единая Россия» — явился не кто иной, как государственный чиновник - министр здравоохранения РФ Ю.Л. Шевченко. Полный абсурд и явный неприкрытый чиновничий произвол. Но, самое главное во всей этой истории — удалось все же отстоять и сохранить действующую структуру российской трансплантологии. И это, по мнению профессора А.Г. Саркисяна, оказалось лучшим применением и его мандата депутата Государственной Думы ФС РФ. Ведь трансплантология - одно из немногих направлений мировой медицины, которое определяет место страны в ряду цивилизованных государств.

«Дело трансплантологов» длилось более трех лет, пока Верховный суд РФ не поставил точку в этом скандальном деле, признав врачей невиновными. Но так и не были названы те, кто инициировал это «дело», сливая в прессу и на телевидение непроверенные факты и надуманные «доказательства», вводя в заблуждение общество. Хотя общеизвестно, что в 2002 г. был организован Национальный медико-хирургический центр имени Н.И. Пирогова Минздрава России, президентом которого был Ю.Л. Шевченко - министр здравоохранения Российской Федерации в 1999—2004 гг.

Прошло 23 года после сфабрикованного «Дела трансплантологов». Однако ни из Администрации Президента Российской Федерации, ни от руководства партии «Единая Россия» в течение этих многих лет не поступило ни одного объяснения или извинения за неприкрытый чиновничий произвол, лишивший профессора А.Г. Саркисяна депутатского мандата, - за его активное противодействие планам по разрушению государственной системы российской трансплантологии.